La visitò da papa nel corso di tutte e tre le visite a Wadowice – 1979, 1991, 1999. Nel 1992, Giovanni Paolo II elevò la chiesa della Presentazione della Beata Vergine Maria al rango di Basilica minore. Nella basilica si trovano quattro cappelle. La Cappella della Santa Croce, con il dipinto di Nostra Signora del Perpetuo Soccorso di Wadowice, incoronato dal Papa durante la sua ultima visita a Wadowice. La Cappella della Sacra Famiglia con le statue della Sacra Famiglia, al cui centro fu collocato un fonte battesimale presso il quale il 20 giugno 1920 Karol Józef Wojtyła ricevette il battesimo. La Cappella della Crocifissione, nel cui tabernacolo furono collocate le reliquie dei santi Padre Pio, Simone da Lipnica e Maksymilian Kolbe. La Cappella del Beato Santo Padre Giovanni Paolo II, sul cui altare poggia un reliquiario con il sangue di Giovanni Paolo II, e sopra di esso un dipinto con il patrono della cappella. Nella cappella si trova una statua di Giovanni Paolo II e il pastorale di papa Benedetto XVI - un ricordo del pellegrinaggio del papa a Wadowice nel 2006.