También estuvo de visita como papa durante los tres viajes a Wadowice – 1979, 1991, 1999. En 1992 Juan Pablo II elevó la iglesia de la Presentación de la Santísima Virgen María a la dignidad de Basílica Menor. En la basílica hay cuatro capillas. La capilla de la Santa Cruz, con el cuadro de Nuestra Señora del Perpetuo Socorro de Wadowice, coronado por el papa durante su última visita. La capilla de la Sagrada Familia con las figuras de la Sagrada Familia, en el punto central se ha colocado el baptisterio en el que el 20 de junio de 1920 Karol Józef Wojtyła recibió el sacramento del bautismo. La Capilla de la Crucifixión, en el tabernáculo están las reliquias de los santos: Padre Pío, Simón de Lipnica y Maximiliano Kolbe. La Capilla del Santo Padre Juan Pablo II, en el altar reposa un relicario con la sangre de Juan Pablo II, y sobre él un cuadro con el patrón de la capilla. En la capilla está la figura de san Juan Pablo II y el pastoral del papa Benedicto XVI, recuerdo de la peregrinación del papa a Wadowice en 2006.