Sie wurde auf dem Klosterfriedhof in Krakau-Łagiewniki bestattet, und später wurden ihre sterblichen Überreste ins Sanktuarium der Barmherzigkeit Gottes in Łagiewniki gebracht, wo sie im Seitenaltar der Klosterkapelle niedergelegt wurden. In die Balustrade vor eben diesem Altar wurde eine Marmorgebetsbank hineinkomponiert, in dem ein Fragment der Reliquien der Heiligen eingelegt worden ist, so dass die Pilger, die aus aller Welt herkommen, ihr gedenken können.
Helena Kowalska – das war ihr Name und Nachname, bevor sie den Ordensnamen annahm. Ihr Leben lang bescheiden und lächelnd, in Gott vertrauend. Im Kloster arbeitete
sie in der Küche, im Garten und an der Klosterpforte. Dieser einfachen und ungebildeten Frau wurde jedoch eine große Mission anvertraut. Die Welt lernte die hl. Schwester Faustyna als Apostel der Barmherzigkeit Gottes kennen – durch sie übermittelte Jesus der Kirche und der Welt die im „Tagebüchlein“ niedergeschriebene Botschaft – ein Bestseller, der in über 30 Sprachen übersetzt wurde. Die Menschen wurden dazu aufgerufen, Gott zu vertrauen und ein Haltung der Barmherzigkeit gegenüber ihren Nächsten anzunehmen, sowie dazu die Barmherzigkeit Gottes zu verkünden und sie für die ganze Welt zu erbitten, u.a. durch die Ausübung von neuen Kultformen (das für seine Gnaden berühmte Gemälde „Jesu, ich vertraue auf dich“, der Festtag der Barmherzigkeit am ersten Sonntag nach Ostern, der Barmherzigkeitsrosenkranz und die Stunde der Barmherzigkeit).
Papst Johannes Paul II wurde zum Weiterführenden von Schwester Faustynas Mission. Am 30. April 2000 zählte er sie in den Kreis der Heiligen. Damals sagte er: „Ich verspüre heute solch große Freude, dass ich der ganzen Kirche das Leben und das Zeugnis der Schwester Faustyna Kowalska als Geschenk Gottes für unsere heutige Zeit zeigen kann. (…) Durch die Heiligsprechung möchte ich heute die Botschaft der Barmherzigkeit dem neuen Jahrtausend übermitteln. Ich übermittle es allen Menschen, damit sie lernen das wahre Gesicht Gottes und das wahre Gesicht des Menschen in zunehmender Fülle zu erkennen“.