Największe utrudnienia spowodują czasowe wyłączenia z ruchu trasy między stacjami Kraków Główny a Podłęże. Przerwy mają być wprowadzane codziennie między godz. 9.40 a 14.15, a powodem jest przebudowa torów na tzw. linii średnicowej między stacjami Kraków Główny i Kraków Płaszów. W ramach tych prac powstaje nowa kolejowa estakada (zamiast nasypu) oraz nowy most na Wiśle. Podróż pociągiem z rowerami w stronę Tarnowa będzie nadal możliwa, ale może potrwać odrobinę dłużej niż zazwyczaj, bo cześć pociągów pojedzie okrężną drogą przez Nową Hutę i Ruszczę. Plusem takiego przebiegu jest możliwość przejechania się mostem nad Wisłą w Grabiach i widok na Wiślaną Trasę Rowerową z góry.

Po wakacyjnej przerwie kontynuowane będą prace na linii do Zakopanego, co spowoduje że na na odcinkach Kraków Płaszów – Kalwaria Zebrzydowska Lanckorona oraz Kraków Płaszów – Nowy Targ  będą kursować komunikacja zastępcza w postaci autobusów. Co automatycznie pozbawia nas też możliwości transportu rowerów. Jedyną opcją na czas remontów pozostaje własny transport samochodem albo skorzystanie z oferty firmy FlixBus, który na tej linii ma kilka połączeń które zapewnia również przewóz rowerów. W ograniczonej ilości (max. 2 sztuki na autobus), na standardowych bagażnikach rowerowych przyczepianych na tył autobusu.

Z dobrych informacji, to na trasie Nowy Targ – Zakopane zostanie utrzymany ruch pociągów regionalnych, czyli tzw. Kolej Podhalańskiej. To dobra opcja, dla kogoś kto już jest na miejscu i krąży po Podhalu na rowerze po VeloDunajec i Szlaku Wokół Tatr

Czasowe utrudnienia będą również na linii do Nowego Sącz i dalej do Krynicy, więc prosimy o śledzenie komunikatów. Spowodowane one będą głównie remontami przejazdów kolejowych. 
 

Z końcem wakacji zakończy również swoje kursowanie pociąg relacji Muszyny – Poprad-Tatry, ale jego duża popularność jaką cieszył się przez cały sezon, daje gwarancję na wznowienie jego kursowania podczas ferii zimowych i być może nawet wcześniej niż na kolejny wakacyjny sezon. 

W związku z zakończeniem modernizacji torowiska na odcinku Wola Łużańska – Gorlice Zagórzany oraz rozpoczęciem roku akademickiego, od 29 września 2019 r. na trasę powrócą kursy pociągów Kraków Główny – Jasło i Jasło – Nowy Sącz (realizowane w piątki) oraz Nowy Sącz – Gorlice – Jasło i Jasło – Kraków (realizowane w niedziele).