Misją Muzeum jest przedstawienie całościowego obrazu Polskiego Państwa Podziemnego. Ekspozycja opowiada o wojnie i okupacji poprzez osobiste pamiątki, fotografie archiwalne, dokumenty i losy żołnierzy AK. Zwiedzanie zaczyna się na parterze, gdzie przedstawiono historię II RP, przebieg kampanii wrześniowej i życie codzienne pod dwiema okupacjami. Jednym z eksponatów w tej części jest zrekonstruowany czołg Vickers E, wykonany z oryginalnych części dwóch zniszczonych w 1939 roku czołgów. Część ekspozycji poświęcona jest akcji „Burza” oraz losom żołnierzy AK po rozwiązaniu formacji. W tej części wystawy można zobaczyć setki zdjęć i pamiątek, elementy uzbrojenia i umundurowania oraz rekonstrukcje: kadłuba brytyjskiego bombowca Halifax i rakiety V-2.

Autorzy wystawy odtworzyli także ubecki karcer, w którym funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa okresu stalinizmu katowali działaczy podziemia niepodległościowego. Muzeum zgromadziło też bogatą kolekcję mundurów, setki egzemplarzy różnego rodzaju broni i sprzętu wojskowego, w tym pistolety używane podczas Powstania Warszawskiego. Do wyjątkowych eksponatów zaliczają się również należące do generała Emila Fieldorfa o pseudonimie „Nila” ręcznie wykonane szachy, czy też oryginalne elementy wyposażenia cichociemnych – elity polskiej armii podziemnej, szkolonej za granicą do zadań specjalnych. Wśród 316 żołnierzy znalazła się jedna kobieta - Elżbieta Zawacka „Zo”.