Bartłomiej Nowodworski – ein Soldat, Philanthrop und Polens berühmtester Malteserritter, vermachte 1617 und 1619 der Krakauer Akademie Mittel zur Finanzierung der ersten profanen Schule, die 1586 gegründet wurde. 1630 wurden weitere Finanzmittel von Gabriel Prowancjusz Władysławski gespendet. Mit diesen Mitteln konnte ein neuer Sitz für die bereits bestehende Nowodworska-Schule errichtet werden. In den Jahren 1636-1643 errichtete Jan Leitner ein barock-manieristisches Gebäude mit gotischen Zügen, das ebenfalls vom Rektor der Akademie – Jakub Najmanowicz und vom König Władysław IV. mitgefördert wurde. Die Schule wurde zu Ehren ihrer Gründer Władysławsko-Nowodworski-Collegium genannt. Das Collegium umfasste zwei parallel gelegene Pavillons mit Satteldächern, die auf zwei Seiten durch eine Mauer miteinander verbunden waren, die einen gepflasterten Innenhof bildeten, der auf drei Seiten von Kreuzgängen umgeben war.

Während der schwedischen Kriege plünderten die Eindringlinge das Gebäude und bauten es zu einem Pferdestall um. 1657 nahm die Schule erneut ihren Betrieb auf, 1769 wurde sie von der russischen Armee zerstört, die in eine Kaserne umwandelte. In den 1770er Jahren wurde das Gebäude saniert und das Oratorium in eine Aula umgebaut. In den 1840er Jahren wurden die Keller zugeschüttet und zugemauert, und das Collegium wurde 1845 saniert. 1855 wurde ein dritter, von Tomasz Majewski entworfener Flügel in einem ähnlichen Stil wie die Bestandsgebäude angebaut. Die Schule zog 1898 in einen neuen Sitz um. Im alten Gebäude wurde die Jagiellonen-Bibliothek eingerichtet. 1914 wurde das Gebäude zu einem Lazarett umfunktioniert. Die Bibliothek wurde 1916 wiedereröffnet und nach einer in den Jahren 1927-1932 durchgeführten Sanierung um die restlichen Teile des Gebäudes erweitert. Das Gebäude überstand den Zweiten Weltkrieg. Seit 1949 dient es als Sitz der Medizinischen Akademie, des Collegiums Medicum der Jagiellonen-Universität.

1939 feierte im Innenhof des Collegiums der damals 19-jährige Karol Wojtyła, der spätere Papst Johannes Paul II., als Student der Polonistik an der Jagiellonen-Universität sein Debüt als Schauspieler vor dem Krakauer Publikum. Berühmte Künstler, wie unter anderem: Jan Matejko, Stanisław Wyspiański, Stanisław Estreicher, Józef Mehoffer und Kazimierz Przerwa-Tetmajer besuchten die für ihre Bildungsleistung berühmte Schule, die Unterricht in polnischer Sprache bot und großen Wert auf die polnische Geschichte und polnische Literatur legte.