Murovaný chrám okolo roku 1340 založil Kazimír Veľký. Stavba bola prerušená po roku 1348, po vztýčení základov a stien presbytéria, v roku 1369 na nej pokračoval staviteľ Cypser. Kostol sa dočkal vysvätenia v roku 1401, ale stavba pokračovala do roku 1405, kedy sem Vladislav Jagelovský priviedol augustiniánov kanonikov. Práce prebiehali až do roku 1477, vrchol priečelia bol dostavaný v roku 1500, veža v rokoch 1566 – 1582. V roku 1405 tu vyrástol kláštor. Ide o obrovskú, monumentálnu, tehlovo-kamennú gotickú baziliku so strmou strechou. Trojloďový, ľahký a štíhly kostol má pretiahnuté presbytérium so sakristiou, pokladnicou a oratóriom. Štvorramenný korpus obklopujú kaplnky a kruchty, prilieha k nemu veža. Kostol s kláštorom spája arkádový priechod. Pri kruchte priťahujú pozornosť bývalé trestné cely, do ktorých boli zamykaní hriešnici. Gotické vybavenie kostola väčšinou nahradilo barokové. Na obrovskom, drevenom, bohato zlatenom hlavnom oltári, z dielne Baltazara Kuncza z roku 1637, sa nachádzajú obrazy Tomasza Dolabellu. Manieristické chórové lavice z rokov 1624 – 1632 zdobia postavy svätcov a obrazy na operadlách, z dielne Tomasza Dolabellu. Kazateľňa z 18. storočia má tvar lode. V presbytériu sa dochovali fragmenty gotických vitráží z roku 1430, spoločne začlenené do jedného okna. V kaplnke sa nachádza na doske maľovaný, zázrakmi preslávený obraz Madony s jabĺčkom z prelomu 15. a 16. storočia, pripisovaný maliarovi Marcinovi Czarnému. V kostole sa nachádza najväčší krakovský organ z roku 1957, ktorý sa skladá z hlavného organu na hudobnom chóre a bočného organu v presbytériu. Pápež Ján Pavol II. v roku 2005 kostol povýšil do hodnosti baziliky minor. Púte sa tu konajú na Božie Telo, 5. mája na sviatok svätého Stanisława Kazimierczyka a 28. augusta v deň sv. Augustína.