Die Akademie der Bildenden Künste wurde 1818 ursprünglich als Schule für Zeichnen und Malerei am Lehrstuhl für Literatur der Philosophischen Fakultät der Jagiellonen-Universität gegründet. Ihre Begründer waren die Krakauer Maler Józef Brodowski und Józef Peszka, Professoren für Zeichnen und Malerei. 1833 wurde die Schule von der Jagiellonen-Universität abgetrennt und verlor ihren akademischen Charakter. Sie fungierte bis 1873 als Schule fürs Zeichen und Malen am Technischen Institut.

Nach der Erlangung der akademischen Unabhängigkeit 1873 nahm sie den Namen Hochschule für Bildende Künste an und wurde von Jan Matejko geleitet. Dank seiner Bemühungen wurde die Akademie in die Fakultäten Zeichnen, Malerei, Komposition und Bildhauerei unterteilt und 1880 in ihren heutigen Sitz am Plac Matejki verlegt. 1895 wurde Julian Fałat zum Direktor ernannt, und 1900 wurde die Schule in den Rang einer Hochschule erhoben, die Akademie der Bildenden Künste entstand. Dort lehrten prominente Künstler des Jungen Polens: Jacek Malczewski, Leon Wyczółkowski, Jan Stanisławski, Teodor Axentowicz, Stanisław Wyspiański, Józef Mehoffer, Wojciech Weiss, Józef Pankiewicz und Konstanty Laszczka. Dank Julian Fałat wurde die Akademie zu einem wichtigen Zentrum des europäischen Modernismus.

Während des Ersten Weltkriegs besetzten die Österreicher das Gebäude für militärische Zwecke, schlossen die Hochschule jedoch nicht. 1918 feierte die Akademie ihr hundertjähriges Bestehen, und die Fakultät für Bildhauerei wurde von dem berühmten v Professoren Xawery Dunikowski übernommen. Das Angebot der Akademie wurde um die Fächer Architektur und Denkmalpflege erweitert, die beim Rektor Adolf Szyszko-Bochusz besonders beliebt waren. Nach dem Zweiten Weltkrieg und der Unterbrechung des Lehrbetriebs wurde die Hochschule 1950 mit der Staatlichen Hochschule für Bildende Künste zusammengelegt. Die bis heute noch vorhandene Aufteilung in Fakultäten wurde eingeführt, und die damals der Akademie überlassenen Gebäude der Akademie bilden bis heute ihren Kern. 1979 wurde die Akademie der Bildenden Künste nach Jan Matejko benannt.

Das von Maciej Moraczewski entworfene Hauptgebäude wurde in den Jahren 1878 und 1879 errichtet. Es ist ein monumentales Gebäude mit einer Neorenaissance-Ziegelfassade mit großen eingerahmten Fenstern. Über dem Hauptportal befindet sich ein eingerahmtes Fenster mit dem Wappen der Stadt Kraków und einer Büste von Jan Matejko.

Die Akademie der Bildenden Künste entwickelt sich weiter, bleibt aber der Tradition treu und offen für die Herausforderungen der Gegenwart. Die Studierenden können hier aktuell an Fakultäten, wie: Malerei, Bildhauerei, Grafikkunst, Innenarchitektur, Denkmalpflege und -restaurierung, Industrieformen und Intermedia studieren.

Das Hauptgebäude beherbergt auch das Museum der Akademie der Bildenden Künste, das die in der Akademie entwickelten und gesammelten Artefakte ausstellt. Das Museum wurde in den Jahren 2002 bis 2003 auf der Grundlage der seit 1818 gesammelten historischen Sammlungen eingerichtet. Heute umfasst es mehr als 5000 Objekte aus den Bereichen Malerei, Zeichnung, Skulptur, künstlerische Textilien sowie angewandte Kunst und Design.