Obie kamienice należące do muzeum wcześniej były domami mieszkalnymi krakowskiego duchowieństwa. Kamienica pod numerem 19 nazywana jest Domem świętego Stanisława, a kamienica pod numerem 21 otrzymała przydomek Dziekańska. Obie kamienice należą do cennych zabytków Krakowa. Były one kilkukrotnie odbudowane lub przebudowywane, dlatego można w nich dostrzec elementy architektury renesansowej, XVII-wiecznej i późniejszej. 

Muzealia dotyczące Karola Wojtyły to ponad 400 eksponatów. Oprócz obiektów związanych z jego profesją, takich jak szaty liturgiczne, sutanny, brewiarz, czy dokumenty w muzeum można oglądać również przedmioty codziennego użytku oraz przedmioty przyniesione przez jego znajomych, a mające głównie wartość sentymentalną. Wśród eksponatów można również obejrzeć narty i stroje turystyczne, w których przyszły papież chodził w góry.

Ważną część zbiorów muzeum stanowi sztuka sakralna, która stanowi prawdziwe bogactwo sakralnego malarstwa, rzeźby, rzemiosła artystycznego, tkanin i sprzętów liturgicznych. Prezentowane dzieła pochodzą z kościołów Archidiecezji Krakowskiej. Malarstwo sakralne to przekrój przez wiele epok i stylów artystycznych. Najstarsze dzieło pochodzi z XIII wieku i jest to najstarsze polskie malowidło pochodzące z Dębna Podhalańskiego. Przedstawia ono świętą Katarzynę Aleksandryjską i świętą Agnieszkę. Gotyckie Madonny z Dzieciątkiem stanowią większość ekspozycji rzeźbiarskiej. Obok malarstwa i rzeźby, dużą część muzealiów stanowi rzemiosło artystyczne, czyli dzieła sztuki złotniczej, na przykład monstrancje, kielichy, wieczne lampki, czy kadzielnice. Wyjątkowym eksponatem jest drewniana monstrancja z przełomu XVI i XVII wieku. Ciekawa jest także licząca kilkaset sztuk kolekcja szat liturgicznych. W jej skład wchodzą nawet XV-wieczne ornaty.