Die erste gotische Kirche wurde während der schwedischen Kriege vollständig zerstört. Die jetzige Kirche wird von einer Kuppel gekrönt, die absichtlich niedrig gehalten und nicht höher als die Fassade der Kirche ist. Dies war jedoch strategisch begründet. Bei einem eventuellen Artilleriebeschuss vom Wawel-Schloss aus könnten die übermäßig exponierten Elemente des Bauwerks beschädigt werden.
Die ersten Bernhardiner-Mönche in Kraków rekrutierten sich aus den Reihen der Anhänger des strengen Predigers – Franziskaners Johannes Capistranus, der bei einem Besuch der Stadt in der Mitte des 15. Jahrhunderts flammende Predigtreden gegen Sünde und Übermaß hielt. Er kam 1453 auf Einladung von König Kasimir IV. Andreas und Bischof von Kraków – Kardinal Zbigniew Oleśnicki nach Kraków, der den Mönchen eine Liegenschaft in Stradom schenkte.
Der Bau der ersten Kirche wurde von Jan Długosz geleitet und vom Sandomierz-Kastellan Jan Hińcza von Rogów finanziert. In den Jahren 1645 und 1647 wurde an der Stelle der gotischen, infolge der schwedischen Kriege zerstörten Kirche, eine neue Kirche gebaut. Das heutige frühbarocke Gotteshaus aus den Jahren 1659-1680 wurde nach einem Entwurf von Krzysztof Mieroszewski auf dem Grundriss eines lateinischen Kreuzes errichtet. Es ist eine dreischiffige Basilika mit einem Querschiff und einer ins Dach eingelassenen Kuppel. 
In der Vorhalle gibt es einige aus der Spätrenaissance stammende Grabsteine. Das Gewölbe im Kirchenschiff und im Chorraum ist mit Stuck verziert. Die St.-Anna-Kapelle beherbergt einen spätbarocken Altar aus dem 18. Jahrhundert mit der Skulptur der Heiligen Anna Selbdritt aus dem 15. Jahrhundert aus der Werkstatt von Veit Stoß und einem barocken Gemälde „Totentanz“ aus dem 17. Jahrhundert. In der Kapelle des Heiligen Simon von Lipnica befindet sich ein Altar-Mausoleum, in dem ein Sarkophag mit den Reliquien und eine Statue des Heiligen Simon, eines Bernhardinermönchs, der im 15. Jahrhundert lebte, aufgestellt ist. Das Buntglasfenster mit Szenen aus dem Leben des Heiligen ist ein Werk von Józef Mehoffer. In den spätbarocken Seitenaltären und im Hauptaltar mit Holzschnitzereien aus den Jahren 1758-1766 sind Gemälde von Franciszek Lekszycki, einem Mönch des hiesigen Klosters zu finden.