La iglesia de ladrillo fue fundada en torno al año 1340 por Casimiro el Grande. La construcción se interrumpió después del año 1348, tras levantar los cimientos y los muros del presbiterio, y fue continuada en el año 1369 por el maestro constructor Cypser. La iglesia fue consagrada en el año 1401, pero la construcción duró hasta 1405, cuando Vladislao Jagellón hizo traer a canónicos regulares de Letrán. Las obras continuaron hasta el año 1477, el remate de la fachada se construyó en el año 1500, la torre en los años 1566-1582. En el año 1405 se levantó el convento. Se trata de una enorme basílica monumental gótica de ladrillo y piedra con una alta torre. La iglesia, de tres naves, ligera y esbelta, tiene un presbiterio alargado con sacristía, tesoro y oratorio. El cuerpo con cuatro tramos está rodeado por capillas y pórticos, junto a él se encuentra la torre. Un paso de arco une la iglesia con el convento. Junto al pórtico llaman la atención los antiguos calabozos, en los que se encerraba a los pecadores. La decoración gótica de la iglesia fue sustituida en su mayor parte por otra de estilo barroco. En el enorme altar principal de madera, profusamente dorado, obra del taller de Baltazar Kuncz del año 1637, se encuentran cuadros de Tommaso Dolabella. Los manieristas sitiales canónicos del coro de los años 1624-1632 están adornados por figuras de santos e imágenes en los respaldos, del taller de Tommaso Dolabella. El púlpito del siglo XVIII tiene forma de barca. En el presbiterio se han conservado fragmentos de vidrieras góticas del año 1430, encristalados juntos en una sola ventana. En la capilla se encuentra un cuadro pintado sobre una tabla de la Virgen con la Manzana de finales del siglo XV o comienzos del XVI, famoso por las gracias obtenidas, atribuido al pintor Marcin Czarny. En la iglesia se encuentra el mayor órgano de Cracovia, del año 1957, formado por un órgano principal en el coro musical y un órgano lateral en el presbiterio. En el año 2005 el papa Juan Pablo II elevó la iglesia a la dignidad de basílica menor. Las fiestas se celebran el día del Corpus Christi, el 5 de mayo, festividad de san Estanislao Kazimierczyk, y el 28 de agosto, festividad de san Agustín.